Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Pdss1-207ENSMUST00000152170 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Txnrd2-201ENSMUST00000115604 1235 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Pth2-201ENSMUST00000042754 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Bloc1s4-201ENSMUST00000071949 1273 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Gm10232-201ENSMUST00000089221 720 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Pgk1-201ENSMUST00000081593 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Ubl7-208ENSMUST00000216841 1426 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Sin3b-203ENSMUST00000212095 1257 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Marcksl1-201ENSMUST00000062356 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Nt5m-201ENSMUST00000102695 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Rtl10-201ENSMUST00000146673 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Bub3-205ENSMUST00000208571 747 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Ccdc84-212ENSMUST00000217351 888 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Col6a1Q04857 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Gm28417-201ENSMUST00000185218 785 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Gm10837-201ENSMUST00000100294 1536 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Wipi1-203ENSMUST00000106689 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Gm11837-201ENSMUST00000136992 876 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 4833418N17Rik-201ENSMUST00000064826 615 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Gm13241-201ENSMUST00000094493 780 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Gm2415-203ENSMUST00000149952 435 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Naxd-202ENSMUST00000177955 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Col6a1Q04857 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Selenof-201ENSMUST00000082437 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Hist2h2ab-201ENSMUST00000073115 444 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Gm43034-201ENSMUST00000198678 1364 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Rap1a-202ENSMUST00000197094 782 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Atp8a1-203ENSMUST00000113651 808 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Gm5297-201ENSMUST00000198555 1171 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Kcnip2-201ENSMUST00000026247 1203 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Pigv-202ENSMUST00000067902 990 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Stk19-201ENSMUST00000077477 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Emc10-201ENSMUST00000118515 1662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Col6a1Q04857 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Atp5j-202ENSMUST00000114191 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Srsf6-202ENSMUST00000126163 515 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Ppp1r12b-203ENSMUST00000112163 828 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Zfp335os-201ENSMUST00000129364 1127 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.8 ms