Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS4AQ9UN37 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.9 ms