Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC39Q9UFE4 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms