Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 DZANK1-202ENST00000329494 1389 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
NPHP3Q7Z494 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms