Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms