Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 HEBP2-202ENST00000448741 661 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 DZANK1-202ENST00000329494 1389 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms