Protein–RNA interactions for Protein: Q9NT62

ATG3, Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3, humanhuman

Predictions only

Length 314 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG3Q9NT62 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG3Q9NT62 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms