Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.8 ms