Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms