Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC17.21■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.6 ms