Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.3 ms