Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms