Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 CHRNA5-203ENST00000559554 1051 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.5 ms