Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms