Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms