Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.3 ms