Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.5 ms