Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms