Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms