Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LIG1P18858 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIG1P18858 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIG1P18858 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIG1P18858 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms