Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
USP4Q13107 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
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USP4Q13107 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
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USP4Q13107 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
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USP4Q13107 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
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