Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms