Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF541Q9H0D2 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.1 ms