Protein–RNA interactions for Protein: Q96IU2

ZBED3, Zinc finger BED domain-containing protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 234 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZBED3Q96IU2 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
ZBED3Q96IU2 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ZBED3Q96IU2 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms