Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
MSX1P28360 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
MSX1P28360 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms