Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
MSX1P28360 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
MSX1P28360 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
MSX1P28360 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
MSX1P28360 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
MSX1P28360 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
MSX1P28360 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
MSX1P28360 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
MSX1P28360 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms