Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 MTND4P5-201ENST00000435821 1374 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AC008543.2-201ENST00000436907 1383 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH5O43196 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 FAM177A1-202ENST00000382406 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AC007406.3-201ENST00000537295 1063 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 PARPBP-212ENST00000543784 992 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AC136428.4-201ENST00000634254 1155 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 CU459211.1-201ENST00000635667 749 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH5O43196 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 SMAD1-AS2-201ENST00000508936 1090 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 C11orf65-203ENST00000525729 1263 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AL133368.2-201ENST00000556978 386 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AP000770.2-201ENST00000623694 100 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AC068137.4-201ENST00000638485 296 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH5O43196 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 OR6C65-201ENST00000379665 1076 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 LINC01487-201ENST00000462531 905 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 HTR4-207ENST00000520514 1236 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AC109466.1-203ENST00000524297 1083 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 TSPAN19-204ENST00000532498 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AC010487.2-201ENST00000594546 486 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AC005520.3-201ENST00000602874 370 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AL118556.2-201ENST00000614375 824 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH5O43196 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
MSH5O43196 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms