Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC61Q9Y6R9 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC61Q9Y6R9 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms