Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXC9P31274 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.3 ms