Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
MSX1P28360 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
MSX1P28360 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
MSX1P28360 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
MSX1P28360 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
MSX1P28360 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
MSX1P28360 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
MSX1P28360 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
MSX1P28360 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
MSX1P28360 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
MSX1P28360 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
MSX1P28360 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
MSX1P28360 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
MSX1P28360 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
MSX1P28360 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
MSX1P28360 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54 ms