Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL6A1P12109 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms