Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TDRD6-203ENST00000544460 8887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms