Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC24.58■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms