Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms