Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms