Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms