Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.5 ms