Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHMP3Q9Y3E7 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHMP3Q9Y3E7 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms