Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
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