Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms