Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM28Q13263 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
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