Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms