Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP3Q9Y6I4 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
USP3Q9Y6I4 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP3Q9Y6I4 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP3Q9Y6I4 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms