Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SCN3AQ9NY46 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 120 ms