Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS4BO75351 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS4BO75351 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS4BO75351 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS4BO75351 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90 ms