Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms