Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP4Q13107 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
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