Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms