Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.6 ms