Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms